Por decisión del Patronato, está compuesta por tres miembros, asistidos por el Secretario de la misma: el presidente de la Fundación, Tomás Caballero Martínez; la subsecretaria de Interior, Isabel Goicoechea, y el patrono Francisco José Llera, recayendo en la Directora-Gerente de la Fundación, Isabel Moya Pérez, la secretaría de la misma.

Corresponde al Comité Ejecutivo efectuar todas aquellas funciones propias del Patronato que le sea designadas, actuando siempre con sujeción a las directrices emanadas de éste. Su régimen de convocatoria, reuniones y adopción de acuerdos es determinado por el Patronato.